Образовательный процесс строится на основе авторских программ, в основе которых лежит программа «Развитие» (Л.А. Венгера и др.), допущенная Министерством образования и науки Российской Федерации и концепции «Социокультурной мыследеятельностной и деятельностной рефлексивно-коммуникативной образовательной среды» (В.А.Николаев и Я.С.Мисюра), разработанной педагогами «Нашей Школы» при участии Новосибирского института повышения квалификации и переподготовки работников образования.