Кафедра медицинских информационных систем создана на базе Федерального научно-клинического центра детской гематологии, онкологии и иммунологии им. Д. Рогачева — крупнейшего в Европе. По сути, это первая в России кафедра медицинской информатики.

Базовое предприятие кафедры высокопроизводительных вычислительных систем — Межведомственный суперкомпьютерный центр РАН, крупнейший научный суперкомпьютерный центр в России. С точки зрения производительности он в десять раз мощнее других крупных вычислительных центров страны.

Базовое предприятие кафедры автоматизированных систем организационного управления — ФГУП НИИ «Восход». Это крупнейший системный интегратор в области разработки и внедрения территориально распределенных информационно-коммуникационных систем: «Выборы», «Правосудие» и др.