Институт работает в тесном сотрудничестве с Институтом истории и Институтом археологии и этнографии Сибирского отделения Академии наук, вузами и научно-исследовательскими институтами России. ИИГСО имеет долговременные и многочисленные международные связи в различных областях гуманитарного знания: история, культурология, музеология, юриспруденция, воспитательная работа, археология, востоковедение, иностранные языки.